L'histoire japonaise est divisée en un certain nombre de périodes, faisant allusion aux luttes qui sont survenues entre les différents clans depuis des milliers d'années.
Le Japon est un pays qui est resté complètement fermé à tout étranger jusqu'aux années 1500, quand les missionnaires et les commerçants ont commencé à arriver d'Europe. A ce moment, le Japon été gouverné par un shogun, seigneur de la guerre qui était censé respecter l'Empereur. Le Shogun le plus célèbre est Tokugawa Ieyasu, qui a uni la plupart du pays et a clarifié l'ordre des classes, et même subordonné les plus petits seigneurs de la guerre (daimyo). Il a établi son règne à Edo (Tokyo moderne), délibérément loin de l'Empereur à Kyoto.
En raison de la propagation du Christianisme dans le Sud du Japon, le shogun Tokugawa a expulsé tous les étrangers qui ont refusé de dissocier la religion du commerce – cela signifie que tous sauf les Néerlandais sont partis et même alors, leur base était une île artificielle du port de Nagasaki. Les voyages à l'étranger ont aussi été défendus aux Japonais.
Pendant cette période, l'art japonais s'est vraiment étendu et les daimyo ont été formé non seulement dans les arts martiaux, mais aussi la littérature, la philosophie et les arts tels que la cérémonie de thé, ukiyo-e et kabuki.
Le statut social a été développé en tant que tel : les samourais en haut, suivi par les paysans, les artisans et finalement les marchants, classés dans un ordre d'importance au pays (les paysans fournissent la nourriture, les artisans les marchandises et les marchants les distribuent simplement). Deux classes de plus existaient, eta et hinin, qui signifient "inhumain". Dans un Japon végétarien, ceux-ci étaient les bouchers et les tanneurs, qui traitaient non seulement avec la mort, mais aussi avec la manipulation de la peau des animaux. Aujourd'hui, la discrimination contre ces familles existe encore, en dépit du temps écoulé. Ils sont maintenant nommés les burakumin.
Le clan Tokugawa s'est agrippé au pouvoir jusqu'à la restauration de Meiji en 1868, auquel point le pouvoir a été restitué à l'Empereur, qui a déménagé à Tokyo. C'est à ce moment que les puissances occidentales ont décidé de forcer les Japonais à faire du commerce à nouveau, en utilisant des navires de guerre américains extrêmement intimidants. Une période d'intégration de l'Ouest a suivi, pendant laquelle le gouvernement japonais a tout fait pour moderniser le pays, en révisant leur système d'éducation, militaire, loi et de nombreux autres.
Le Japon a mené des guerres contre ses voisins, d'abord contre la Chine dans 1894-1895 (une victoire écrasante), puis la Russie en 1904-1905 et a acquis ainsi la Corée, Taiwan, les îles d'Okinawa et une partie de Sakhalin. Les états de l'Ouest ont intercédé en soutient de la Chine et donc le Japon a été obligé de rendre quelques territoires. Cependant, cela a mené à une plus grande militarisation.
Le Japon a rejoint la Première Guerre Mondiale du côté des Alliés, mais a été traité avec mépris au Traité de Versailles. Le racisme a tourmenté les relations entre l'Ouest et le Japon, poussant ainsi le pays à prouver quel grand pouvoir il peut être. En 1931, le Japon a envahi la Chine de nouveau, par la Corée et a placé une marionnette en tant qu'Empereur de Manchukuo (à l'origine Manchuria).
La Deuxième Guerre Sino-Japonaise a éclaté en 1937, durant laquelle de nombreuses atrocités ont été commises (tels que le massacre Nanking), mais le gouvernement chinois n'a jamais abandonné, ainsi cette guerre a continué jusqu'en 1945.
En 1940, le Japon a envahi l'Indochine (alors contrôlé par les Français) en une tentative de protéger l'accès aux ressources minérales, qui manquent sur son propre territoire. Ils ont continué leur expansion partout en Asie, poussant aussi loin que la Nouvelle Guinée, l'Inde et Hawaii. Les Etats-Unis ont déclaré la guerre au Japon en 1941, quand ils ont été attaqués à Pearl Harbour.
Malgré les raids aériens intensifs (bombardements de feu qui ont détruit 80 % de quelques villes et plus de la moitié de Tokyo), les militaires japonais ont refusé de capituler inconditionnellement, bien qu'ayant déjà perdu le contrôle de quelques îles aux Américains. Pour les forcer, les Américains ont jeté deux bombes atomiques sur Hiroshima et Nagasaki le 6 et 9 août. L'Union Soviétique a aussi déclaré la guerre au Japon le 8 août et l'Empereur a finalement concordé aux termes.
1945 est un tournant dans l'histoire japonaise qui a formé la politique gouvernementale et internationale. L'occupation du Japon, le fait de réécrire leur Constitution par une équipe étrangère et l'enlèvement de leur armée sont tous des exemples de ce qui est arrivé.
Depuis lors, l'économie du Japon n'a cessé de croitre, pour le placer deuxième au monde.